Для наибольшей эффективности учебного и воспитательного процесса воспитанники разделены по классам. С 8.00 до 13.50 (пн-пт), с 8.30-13.40 (сб.) воспитанники учатся в школе в рамках начального, основного общего и среднего общего образования. С 14.00 с понедельника по пятницу и в воскресение учащиеся занимаются в рамках дополнительного образования.  Все воспитанники спецшколы распределены по кружковым объединениям.

Также у воспитанников в рамках дополнительного образования есть возможность получить свидетельство об уровне квалификации по профессиям «повар», «каменщик», «портной», "овощевод". Таким образом воспитанники одновременно получают общее среднее образование и профессию по одной из специальностей.

Учитывая, что максимальный срок нахождения в спецшколе (до 18 лет) три года, то у детей есть возможность получить нескольких профессий в рамках дополнительного образования. Обучение производится по 6-дневной рабочей неделе. Выходной — воскресенье. График обучения составлен так, чтобы учитывать режим дня, питания и другие нормы в соответствии с возрастными физиологическими особенностями. Распорядок дня спецшколы включающий в себя весь образовательный и воспитательный процесс переписывается каждый учебный год и утверждается директором.